教団の創設は、昭和28年7月8日。所在地は出雲市小境町一畑寺内。初代管長(代表役員)は大錦祖綱(明治44年出雲市生、出雲市禅林寺住職)。二代目管長は飯塚幸謙(昭和8年生) 、三代目、飯塚大幸(現管長)。

 本尊は薬師如来。所依の経典は「薬師瑠璃光如来本願功徳経」。その教義を実践、布教するを目的とし、一畑薬師如来を勧請する寺院や教会、信者の集合団体の支部や講社を包括する。包括宗教法人として文化庁に仏教で第118番目に認可登録され、薬師としての宗派が出来た。被包括団体は、現在約60(講社を除く)、教団の基の一畑寺は、総本山と規定された。

 教団の起りは、眼病、諸病に霊験あらたかと、昔から一畑の薬師如来に多くの参詣者や信仰者があり、交通の不自由な昔、各地方の集落で、自然石の灯籠を建て(現存500基以上)集まって信仰する(講社の前身)。地方の人にご利益を分かちたいと一畑薬師を勧請し、小寺院や教会が出来、江戸時代には相当数あった。これを、明治中期、一畑寺十一世教道和尚が組織化して一畑薬師教会とした。昭和27年、新憲法下、信者の自由をうたった宗教法人法の制定により、既成宗派の再登録を機に、包括法人となった。

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初代 大錦祖綱管長

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2代目 飯塚幸謙管長

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3代目 飯塚大幸管長